機場三跑的爭議，還包括空域管制問題。多位前任民航處處長相繼開腔，力指香港受制於「空牆」，即使起多少條跑道都無法大量提升航班升降量。而廣州白雲機場第三條跑道每日只能增加十班航班升降，就是前車之鑑。

面對種種質疑，運房局局長不是拿出數據解釋，反而搬出涉及商業和戰略資料為由，拒絕公開○七年與國家民航局及澳門民航局簽訂的協議，一味聲稱有信心可協調好空域問題。所謂「有信心」，說穿了即是沒有任何法律約束力，全部得個講字。正如內地學者指出，完全看不到廣東省把有限空域再劃出來保障香港的理由。的確，人家也有幾條跑道，自顧已經不暇，為何還要兼顧香港？

再說，一千四百多億元只是目前預算，根據本港大型基建例必嚴重超支的「往績」，三跑落成之時，費用隨時高達二千億元。須知廣州白雲機場第三條跑道造價不過一百億元人民幣，深圳新機場跑道加客運大樓的總費用也是二百億元人民幣，既然當局口口聲聲粵港融合，打造珠三角生活圈，區內何需這麼多條跑道？何必刻意跟區內機場競爭？與其如此，倒不如直接斥資買下深圳機場好過。

愈來愈多資料顯示，三跑極可能得物無所用，最終淪為大白象工程。用巨資興建一條隨時作廢的跑道，不如用同樣價錢建屋，解決房屋問題。