漁護署處理牌照事宜惹詬病，在人道毀滅流浪動物「倒數死期」的做法也被轟殘忍。現時漁護署若捕獲流浪動物，在四日內仍無人認領，流浪動物縱使狀況健康、無傷人紀錄，都會被人道毀滅，去年就有逾一萬三千頭流浪貓狗因此被人道毀滅。愛護動物人士對此忍無可忍，在今年五月，超過六百人身穿黑衣上街，由太子遊行至長沙灣的漁護署總部請願，要求當局停止「倒數死期」的殘忍做法，改以「絕育放回計劃」，以解決流浪動物問題。
但漁護署並不接納，發言人稱在過去三年，平均每年收到約二萬宗流浪貓狗噪音及環境衞生滋擾的投訴，若推行該「絕育放回計劃」，亦要顧及放回動物後的照顧和責任問題，該署會繼續與動物福利團體溝通。
