直腸癌患者的腫瘤若與肛門保持一定距離，手術後仍可保留肛門，但不少患者手術後每天排便三至四次。這是由於直腸被切除後，儲存糞便的工作由結腸的尾段負責，由於結腸的彈性不及直腸，能夠儲存糞便的體積便較小，令患者需要頻頻排出糞便，是為前切除綜合症，切除的直腸愈多，排便的次數便愈頻密。不過，取代直腸的結腸會慢慢增加彈性，令排便頻密的情況逐漸得到改善。
此外，控制性功能的神經線容易在手術過程中受損，造成勃起功能障礙、逆行性射精或精液倒流至膀胱等情況。過往這種情況的發生比率接近一半，但近年發現，若於手術時找出盆腔神經線的位置並能好好保護的話，上述情況發生的機會可降低至兩成。總之，小便困難及性機能受損的問題，有機會在手術後的一至兩年內逐步得到改善。