內地東江水供港支流甚多，因內地政府監管不力，傳媒經常揭發東江水受到不同污染，例如深圳布吉南灣區儲存東江水的深圳水庫附近，經常有垃圾回收站、養狗場的工人將廢水倒入支流，甚至供水道沿途更有居民洗衫及洗地拖，令東江水水質毫無保障。
深圳水庫是深圳一個主要水庫，同時也是輸港東江水的重要來源。去年內地傳媒踢爆深圳水庫附近有多個污染源，最大的源頭是大望社區新田村一個養狗場，工人將狗場內夾雜狗毛的糞便，以及清洗狗場的污水都直接排入河溝。
至於深圳水庫屬飲用水源保護區一帶，亦被人搭建出租屋和鐵皮屋，住有大批村民，村民在河道旁洗衣服及洗地拖，令東江水水質混濁，臭味令人欲嘔。雖然傳媒多次揭發事件，但內地官方機構卻無意落力打擊，更辯稱廢水未有直接流入水庫，令到港人變相要飲這些混有狗糞及化學物的污水，影響健康。