潰瘍性結腸炎與克隆氏症都屬慢性腸道疾病，令消化道反覆發炎，導致持續腹瀉，影響消化及吸收，令患者的體重於短時間內下降，兩種疾病的病徵相似，病發年齡高峰期相若，都是在十五至三十歲及六十多歲為主，在醫學上容易將兩者混淆。即使利用大腸鏡抽取腸道黏膜組織進行化驗，也難以作出正確判斷，需要切除腸壁組織才能分辨。
不過，潰瘍性結腸炎主要令大腸發炎，並且一定由直腸開始，向上蔓延；而克隆氏症則會令整個消化道出現炎症，部分患者的口腔、食道及小腸也出現潰瘍性發炎，倘若患者的炎症只出現於小腸，患上潰瘍性結腸炎的可能性極低。由於潰瘍性結腸炎只影響大腸，所以病情較嚴重的患者，能夠透過手術將結直腸切除，而得到根治；然而，克隆氏症的病情可波及至小腸，由於小腸是人體吸收營養的重要器官，所以盡量會予以保留，即使出現嚴重併發症，醫生也會採取保守態度，以切除最短的腸段。
儘管現時醫學界對兩者的成因並未完全清晰，但克隆氏症與自身免疫系統失調有關，而潰瘍性結腸炎則可能是免疫系統過敏，對病毒、病菌等外來異物產生過度反應所致。可以肯定的是，兩者都會提高患上大腸癌的風險，克隆氏症更同時增加患上小腸癌的機會。