為保障市民服用合資格的中成藥，衞生署於○三年推出註冊制度，要求中成藥的藥廠向署方登記，藥廠呈交文件後，署方會考慮藥物的安全性、質量、成效，以及其他測試報告的結果，發出正式的註冊證明書，而藥廠可在中成藥的包裝印上註冊編號，方便公眾參考。
惟市民仍會發現，坊間仍然有未完成註冊程序的中成藥出售。原來，衞生署當年規定，在一九九九年前面世，如中國古方製藥及保健品等中成藥，相關藥廠可獲「邊售賣邊註冊」的特權，申請「過渡性註冊通知書」後便可繼續出售。
至於在一九九九年後才於市面售賣的中成藥，則需要經過「非過渡性註冊」，由衞生署的中藥組審閱藥廠提交的化驗報告，才會獲發「非過渡性申請通知書」出售藥物，惟這並非「正式」註冊通知書，必須完成所有審核程序，才可獲發註冊編號。