台灣《公職人員利益衝突迴避法》已實施八年，其中第九條、第十五條規定公職人員或其關係人，不得與公職人員服務機關或受其監督機關進行任何買賣、租賃、承攬等交易行為。故馬英九任台北市長期間，其家屬等人皆不得與市政府做生意。

綠營質疑身份關係被看中

馬英九於一九九八年當選台北市長，原本擁有美國籍、長期居住美國的大姊馬以南，卻突然於二○○一年五月返回台灣，並出任中國化學製藥公司開發部副總經理。其後，她又經公司指派兼任多家子公司的董事。民進黨曾質疑，馬以南因是馬英九的姊姊，才被企業看中，從而視之為「門神」。

馬以南任職的中化製藥及子公司，其後獲台北市立醫院大宗藥品採購案，法務部統計總金額達一億四千多萬元新台幣（約三千二百多萬港元）。今年二月，法務部裁定中化製藥罰款採購藥品的同等金額，即一億四千萬元新台幣。儘管馬以南及藥廠均堅稱，馬以南只負責研發工作，期間從未參與行銷、經銷藥品的業務，但她是在馬英九當選市長後入職藥廠，藥廠其後才獲市政府屬下醫院定單，令人質疑過於巧合。

中化製藥不服罰款決定，向行政院訴願審議委員會提出上訴，委員會調查後確定法務部出錯。法務部近日確定罰款減為一億元新台幣。