阿巴必須共同面對的最迫切問題，就是塔利班。不過由於歷史淵源和現實利益考慮，卡扎伊政府對巴國戒心很大。在塔利班統治阿富汗時期，巴基斯坦為全球僅有三個承認塔利班合法的國家之一，到了塔利班倒台，亦成塔利班餘部逃竄藏匿之地。雖然巴國否認提供庇護，近幾個月也對包括塔利班在內的武裝分子展開追剿，還俘虜塔利班第二號人物巴拉達，但用心受到質疑。

先說軍事行動，可說不湯不水，巴方一時指戰線太長，拒美要求擴大追剿範圍，一時又稱天氣欠佳，按兵不動，難怪行動被指僅為應付美國，華府給了數十億美元反恐資助，巴方總要做個樣子交代。再說巴拉達，為何早不捉遲不捉，恰恰就發生在卡扎伊拋出和解方案後？據悉巴拉達正是卡扎伊政府進行和談的對象，巴方是否視之為奇貨可居，用作籌碼呢？以美軍為首的北約部隊，遲早會撤出阿富汗，巴國早作部署，保有在阿國的影響力，也理所當然。

可以說，在解決塔利班問題上，阿富汗既要巴方援手，又怕其插手。卡扎伊向塔利班招安的方案，雖然華府反應冷淡，卻獲英國和聯合國支持。塔利班消滅不盡，和解視為阿富汗唯一能實現真正和平的途徑，巴國與塔利班領袖向來關係良好，可起搭橋作用。

卡扎伊連任後首次國事訪問巴國，行程重點之一就是尋求巴國協助，他在伊斯蘭堡記者會上宣稱，巴方扮演不可或缺的角色，明顯是要消除外界猜疑。不過巴拉達被捕，使阿巴關係變得緊張。巴拉達被認為是塔利班中較為務實領袖，隨着他落網，塔利班可能換上更為強硬人物，阿富汗政府與塔利班進行中的和談受到阻礙。巴方拒絕卡扎伊要求移交巴拉達，令雙方更添心病。