一九八九年在東京新宿區一個建築地盤發現大批人骨，有的有鋸痕，有的有鑽洞，估計死者多達一百人，大部分死者是日本以外的亞洲人。地盤附近在二戰時是軍醫學校，學校設有七三一部隊的防疫研究室。民間團體懷疑骸骨可能屬於人體實驗的受害人，不過厚生勞動省在○一年指，人骨極可能是人體標本，與七三一部隊關係不詳，人骨此後一直被保存。

重新挖掘調查

但在○六年，校內一名前護士向厚生勞動省表示，日本戰敗後，她與同事被命令在數個地點埋葬屍體、人骨及人體標本。當局因此決定在她所指的亂葬崗位置進行挖掘，搜尋是否還有其他死者。