高鐵香港段追加撥款引起爭議，其中一個焦點是一地兩檢問題。廣深港高鐵拍板時，一地兩檢問題並未解決，只是以此為設計和爭取目標。經過數年與內地磋商，一地兩檢問題近期有解決的曙光，其中一個方向就是按「一國兩制」原則和《基本法》相關規定，把內地出入境、海關、檢疫法律納入《基本法》附件三。

高鐵拍板時曾探討在本港和內地車站實施兩地兩檢、分別在深圳福田站和西九龍總站一地兩檢、在車上完成通關邊檢等方案。廣深港高鐵設計不僅通往深圳或廣州，它作為國家四縱四橫主要骨幹線路，直通全國高鐵網絡，可由香港出發直達內地高鐵網絡覆蓋城市。在內地不同城市已建成的高鐵站增設地方和人員完成兩地兩檢，現實操作有一定難度；若有不符合入境者，亦未必即日有列車進行遞解和遣返。

深圳福田站年底通車，據悉亦預留地方作一地兩檢。如乘客抵達深圳時要下車完成過關，將無法發揮高鐵最大效益，亦意味着深圳扼住香港高鐵的咽喉，在城市競爭上香港處於不利位置。另外，由香港到深圳只有二十分鐘車程，在高鐵車廂完成多至五百名乘客的通關如出入境、海關、檢疫手續是不可能的任務。因此，在西九總站完成一地兩檢是最佳方案。

泛民本土派議員近年積極去中國化，而高鐵建成將促進內地與香港交流及經濟往來，故一開始他們就反對興建，一地兩檢更被抹黑為葬送一國兩制。其實深圳灣口岸本屬深圳管轄地方，卻早有一地兩檢，駐港解放軍亦按《基本法》在香港依法活動，中旅社辦理回鄉證同樣根據內地出入境條例處理申請，因此我們應以平常心去看待高鐵一地兩檢。