廣深港高鐵香港段除了面對超支問題，另一問題就是落實「一地兩檢」。由於此舉涉及《基本法》條文，能否落實對香港法律有深遠影響，更重要的是，究竟香港與內地能否在政治上達成共識，際此中港矛盾激烈之時，實在令人擔心。

高鐵香港段耗資六百五十億元，但因為各種原因延誤，最新數字是超支近二百億元。政府面對其中一個難關，就是如何向立法會申請追加撥款。來年就是立法會選舉，無論泛民抑或建制，都會對此窮追猛打，政府希望於本會期通過撥款，相信困難重重。至於一地兩檢，更是涉及法律問題。高鐵需要在香港設出入境及海關，供中港兩地使用，否則整條高鐵如同慢鐵。其實一地兩檢並非新鮮事物，深圳灣口岸就是實行一地兩檢，只是該通關關口是在深圳一方，不涉及內地官員來港執法。有政界中人指出，同樣制度可於香港進行，只要列明內地執法人員在港只能在指定地方作海關、出入境及檢疫工作，最重要的是沒有拘捕權，相信爭議會較小。

現時最困難的地方，其實不是法律條文，因為就算釋法，將釋法範圍限定於高鐵有關事宜，或引入部分全國性法律，都是可以解決的。最大問題是港人現時對中央政府的不信任，而要解決此種不信任，就牽涉中港關係等更核心議題，何時及如何化解，實在難以估量。