朝廷在白皮書中明確表示對香港擁有全面管治權，接下來要做的就是如何行使這個「全面管治權」。在中國內地，朝廷行使「全面管治權」很簡單，就是「黨領導一切」，黨在行政、立法、司法、軍隊、警察等「管治」領域領導一切，建立黨組織。這些領域的領導人都是黨任命的，整個朝廷、國家就是「黨政不同」、「黨國不分」，就是「黨大於法」。在這樣的「全面管治」下，中國內地、社會主義「一國」是沒有甚麼「三權分立」、「權力制衡」的。

相反，朝廷要在一國兩制、港人治港、高度自治的香港實現「全面管治」就很困難。首先，香港的行政、立法、司法各自「獨立」，雖然說是「行政主導」，但只是體現在政策制訂和一般社會事務的管治層面，政府許多方面要受制於立法機構的批核、監督、質詢，要向立法機構交代。同時，司法機構可受理「民告政府」的案件，司法機構判政府輸，政府就要受法律懲處，司法機構判案不受政府機關和官員影響。事實上，回歸後，朝廷能影響最大的就是「香港行政」，行政長官由朝廷欽點，政府高官由朝廷任命；但他們向朝廷負責的同時，也要向立法機構和香港社會負責，許多事情不能完全聽命於朝廷。在這樣的制度下，朝廷對香港的「全面管治權」大打折扣，所剩無幾。

同時，在一國兩制、港人治港、高度自治和《基本法》規定下，中共不能在香江行政、立法、司法、警察等管治架構中建立「黨組織」，所謂「管治權」更難伸張。