客機航道詭異：客機原定往北飛抵中國北京，途中突轉航道向西飛，最後更於偏遠的南印度洋墜毀，動機成謎。

馬國政府涉隱瞞：馬來西亞政府連日來被批評延報訊息，又被指刪除正機師沙阿家中飛行模擬器的資料。

機長背景可疑：正機師沙阿是馬國反對派領袖安華的親戚，事發前出席安華雞姦案的聽證會，疑有政治訴求。

最後通話之謎：客機與控制塔最後通話並非沙阿，而是副機師哈米德，其最後通訊內容為：「晚安」，並非一般航空通訊字眼。

劫機疑雲：納吉布證實客機通訊系統被蓄意關閉，但至今未證實客機是否被劫。客機失聯後疑避雷達追蹤，曾作出戰術躲避動作，飛行高度異常。

空中解體：當局最初着眼調查客機是否空中解體，客機上疑有爆炸品或危險貨物，馬航拒透露貨物清單。

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