大網仔及濠涌大藍湖村，本來是蝴蝶天堂，而西貢榕樹澳為全港十二個優先保育的地點，但水務署沒有評估工程對環境所造成的影響，便將首次引進的白漆，髹於保育重地的引水道上，令大量昆蟲及蜥蜴等生物被油漆黏住死亡；而到油漆乾涸後，水蛇及蟛蜞等生物亦無法通過滑溜溜的引水道，不能返回棲息地。事件被環保團體揭發後，惹來各界抨擊，水務署因而要暫停工程。

另外，水務署亦曾在大埔工業邨鋪設水管後，沒有將行車路段妥善復修，令路面凹凸不平，行車顛簸，被當區區議員批評為工程不完善。