報告指出，在黃竹坑高架橋建築及運作期間，預計會對在黃竹坑明渠下游覓食及棲息的鷺鳥，構成生境減損及場外滋擾，因此建議多項緩解措施，包括避免在度冬高峰期進行滋擾性工程，如前期工地清理及砍樹工程等。

報告又建議，必須限制在日落至日出之間（鷺鳥棲息時間），作出會使用機動設備的建築活動，在營運期間亦要設置減低噪音措施，同時使用有顏色的隔板，以免鷺鳥飛行時不幸「撞板」受傷。

此外，初步的樹木調查發現，項目工程範圍內及附近有五千七百六十八棵樹，預計僅兩成樹木可予保留，包括所有受保護的古樹名木，另有百分之八要進行移植，剩餘大部分低生態及非原生路旁樹木，均會被砍伐移走。營辦商將補償種植觀賞及原生品種，預計樹木數量將有增長。