蘇起以健康理由請辭，外界認為國民黨立委附和在野黨通過法案，不准美國牛肉進口，讓馬英九支持度大跌，引發美國不快，國安會作為美牛事件的決策者，蘇起是為承擔政治責任而下台。

國安會秘書長專管台灣生存安危，怎麼會栽進貿易紛爭中？即使有瓜葛，也只是幕僚角色，無理由承擔政治責任，何況美國也沒為牛肉事件撕破臉皮，否則還會有馬英九風光過境美國這一幕？至於事件對國民黨的傷害，早已在立委補選失利中顯現，真要究責，何必拖至今日。

協調並處理對美國及大陸的關係才是國安會的核心職能。奧巴馬批准對台售武，台灣並不滿足，「想要的沒拿到，美國給的都是他們剩餘的」，尤其是潛艦弄不到手，朝野大為不滿，主持軍購的蘇起面臨巨大政治壓力。

蘇起是美國通，更是大陸通，其家庭和大陸關係緊密，夫人曾登陸宣傳賣書，弟弟也前往教書，曾引發各界撻伐，馬英九一句「下不為例」才平息風波。蘇起自稱已配合馬英九完成兩岸政策階段性任務，功成身退。其實，眼下ECFA協商問題重重，兩岸互信因軍購造成傷害亟待斡旋，任務方興未艾，蘇起此時倦勤，恐怕另有原因。