由子宮內膜異位所引致的「朱古力瘤」，可導致不育，但如果只是草草透過藥物及手術解決朱古力瘤，未必可以解決問題，所以必須小心處理，例如切除朱古力瘤手術時，亦應除去盆腔內其他異位的內膜組織，確保子宮、輸卵管及卵巢等生育器官恢復正常狀態和聯繫，以助患者提高生育能力。手術後也不適宜接受藥物治療，因為藥物會抑制身體排卵，患者自然無法把握受孕的黃金機會。
此外，朱古力瘤的復發機會甚高，無論手術過程如何小心，每次手術都會破壞更多卵巢組織，所以最好還是及早懷孕。若手術後一年內仍無法懷孕，尤其是再次出現朱古力瘤，便應考慮採用生育科技治療法。
如果在懷孕過程中發現有朱古力瘤，需要定時監察胎兒及朱古力瘤的狀況，擔心朱古力瘤爆裂時，內裏的液體會刺激盆腔，引致炎症，甚至令子宮收縮，造成流產，所以必要時採取手術切除朱古力瘤以保障胎兒的性命。