檢查大腸的方法不少，包括鋇劑灌腸造影檢查及虛擬（電腦掃描）腸鏡檢查，但它們只能發現腸道出現息肉或其他病變組織，卻不能像大腸鏡般，在檢查同時進行治療，因為大腸鏡除了將腸內的影像傳送至顯示屏，讓醫生可以即時觀察及作記錄外，還可配合不同配件去進行各種治療程序，例如切除病變組織，也有不同器具以應付各類形狀的病變，如以熱活組織鉗（hot biopsy forcep）去切除黏膜組織；像幼鐵索的勒除器可切除隆起的息肉（snare）；透過內窺鏡帽法切除術（endoscopic mucosal resection，EMR）及內窺鏡黏膜下層剝離法（endoscopic submucosal dissection，ESD），可協助切除位於深層腸壁（下黏膜）的癌前病變組織。
大腸鏡除了用來檢查息肉及結直腸癌外，還可作為嚴重腸炎、憩室病、直腸靜脈曲張、基質腫瘤、腸道血管病變的診斷工具，亦可以處理腸出血病症，方法是於出血位置注射止血劑，或於患處通過微量電流止血；若遇上腫瘤令腸道收窄，而患者又不適合接受手術，更可放入自動膨脹的金屬支架（self expanding metallic stent，簡稱SEMS）來擴張腸道，紓緩腸塞之苦。
雖然大腸鏡用途廣泛，但如果患者不主動要求檢查，大腸鏡還是無助保持腸道健康和對抗疾病。所以，若身體出現可疑病徵，如近期大便習慣改變、糞便持續帶血或黏液、出現不尋常便意、腹部有腫塊或貧血，或附有結直腸癌高危因素（即年齡屆五十歲或以上、慢性腸炎患者或近親患有結直腸癌）等，都應主動向醫生查詢，並盡快進行大腸鏡檢查。