在馬政府的評估中，現在大陸對台灣而言，是佔貿易額四成的最大貿易地區，台灣與大陸洽簽ECFA是無可避免的，尤其兩岸簽署ECFA也有助於台灣與其他國家簽署自由貿易協定（FTA），兩岸關係也可藉由ECFA而改善，將對東亞的穩定有所貢獻。然而，這被綠營視為馬政府一廂情願的做法，因為與大陸簽了ECFA，未必一定就可藉此推動與他國的自由貿易協議，北京對此事的意向還未明確。

民進黨大打反對牌

總的來說，兩岸洽簽ECFA是馬英九的既定政策，更是馬政府用以區隔與民進黨政府不同的重要政策方針，絕不可能因一場地方選舉而改變。

馬英九面對此次重大挫折、光環快速消退，他表現了強大的意志力。他對於推動ECFA則全速前進，尤其是總統府高層強調，馬政府主政以來，開放大陸學歷、開放美國牛肉進口、推動兩岸簽訂ECFA等政策，將不會受到此次三合一選舉結果的影響，這些既定政策都會按照穩健的步調持續推動。

惟這一連串的政策推動，引來了民間的憂心，在野黨據此為反制執政黨的手段。民進黨在選舉期間大打反對ECFA牌，選舉結果也顯示反對ECFA議題在農業和傳統產業縣市發揮了作用，對選情造成一定的影響。

雖然，縣市長選舉是以地方政績為主軸，並不能完全表現選民對馬政府兩岸政策的支持或反對，但民進黨強打ECFA牌，攻擊馬政府向北京傾斜的兩岸政策難以確保台灣主權，將選舉操作為藍綠對決。尤其是民進黨強調兩岸簽署ECFA之後，台灣不但主權不保，更會造成一百六十多萬人失業，其中六十多萬是農民，因之引起了中南部選民的惶恐。

民眾擔心影響生計

馬英九感受到選民的憂心與疑慮，親上火線聲稱要捍衞主權、守護台灣。但這樣的呼籲並未見到成效，民進黨得票率在選舉中大幅提高，顯示大三通和兩岸經貿的熱絡交流，對農民和基層民眾的生活並未有實質的改善，反而對ECFA生效後經濟環境和工作機會的不確定性有極大憂慮，又擔心馬英九政府無法強力地拒絕大陸農產品及大陸勞工赴台，將大大影響人民生計。

因此，馬政府既然全力推動ECFA的簽訂，那麼如何消除疑慮取得共識乃最重要的工作。若不能消除民進黨政治操作的影響，在第四次江陳會就ECFA進行對話，將牽動明年直轄市的選舉，甚至二○一二年總統大選，ECFA將持續成為選戰焦點。