灣仔伊利沙伯體育館的關島旗顏色有異，該館更正後，紅磡體育館的關島旗又被指底色異於正版。

住宿不佳

陸續有運動員投訴住宿安排，如身材高大的籃球員竟未能獲安排較大的臥床、酒店房間空氣質素差；港隊足球員日前亦不滿酒店床鋪有污迹等。

設施不足

東亞運公司涉要求員工自備手提電腦工作；職員又不獲發專用制服，恐出現保安漏洞。

場館缺陷

乒乓球隊到伊利沙伯體育館練習，發現波枱又矮又斜；田徑場館的將軍澳運動場跑道被揭發凹凸不平；游泳及跳水場館的九龍公園游泳池，抵受不住豪雨，天花漏水。

制服過少

義工不滿只獲分配一條褲，兩星期賽期恐未能及時洗換；有義工原獲編排的工作崗位突取消，請假無所用。

門票滯銷

總門票仍有近三成未出售；向中小學派十二萬張門票卻要求學生早到遲走，惹來批評。