當局進行的環境評估報告指出，上述魚類養殖區海床多年來積聚了相當數量的有機物質，海水易缺氧及出現紅潮，增加魚類的死亡風險。當局計劃為鹽田仔及鹽田仔（東）魚類養殖區挖泥兩米深，並為船灣避風塘挖泥一米疏緩海床，估計合共挖出約五十三萬八千立方米的沉積物，以改善水質。

工程進行期間，現有魚排將臨時遷移至大埔船灣高爾夫中心、丫島、洋洲和白沙頭附近大約三十六公頃的水域，上述地點在該段期間不能捕魚。

鹽田仔大部分養魚戶對政府協助清理海底沉積物均表示歡迎，認為對改善養魚區環境肯定有好處。不過，養魚戶亦擔心臨時搬遷魚排，養魚未必能適應新環境增加死亡風險，為減低損失，會減少放入魚苗，魚產量預計將會減少。

舊魚排一搬就散

該區不少養魚戶是飼養青斑、石斑及龍躉等貴價魚供應給酒家及批發商，養魚戶減少飼養魚苗，將影響貴價魚的供應量，令魚價上漲。漁農自然護理署資料顯示，該魚類養殖區去年的魚產量為一百八十七公噸，總值逾千萬元。

另外，部分養魚戶因魚排太過殘舊，擔心「一搬就散」，故亦拒絕搬遷，因此搬遷魚排迄今仍未能取得百分百養魚戶的應允，工程能否如期展開仍有變數。有養魚戶批評政府對漁戶的支援不足，漁護署、環保署等部門又各自為政，每次只派出初級官員出席，令清除沉積物的工作進度受阻。