終審法院首席法官李國能任內曾處理多宗爭議性事件，最轟動是在居港權判案中指稱本港法院有權裁定人大違憲，最終引發首次人大釋法。他又被指過分維護司法機構及其下法官的利益，漠視公眾訴求，包括在港府財赤最嚴重之時，仍堅拒法官跟隨整體公務員減薪與市民共度時艱，批准多名法官享受雙重福利，拒絕嚴懲屢次犯錯的庸官等。
終審法院在九九年一月二十九日裁定港府在吳嘉玲案中敗訴，指港人內地子女即使出生時其父或母都未取得香港永久性居民身份，都可享有居港權。港府事後估計判案令一百六十八萬名港人內地子女享有居港權，對香港的社福、教育及房屋資源造成沉重負擔，引起不少港人非議。
作為案件主審法官的李國能更加在判詞中進一步指出，本港法院有權審視全國人大或人大常委會的議決有否違反《基本法》，並且宣告違憲的議決無效，被多名內地護法及本地親北京人士質疑他曲解《基本法》和挑戰人大權威。港府最終在同年五月提請人大常委會進行首次釋法，推翻終審判決。
法庭常丟空積壓案件
李國能管理司法機構的表現和能力，亦曾屢次受到質疑。審計署就曾於○○年發表報告，狠批司法機構未有盡用資源，令法庭經常丟空，大量案件積壓，部分案件的輪候時間經常性嚴重超標，有礙市民尋求法律公義兼浪費公帑。
○三年初香港經歷金融風暴及沙士雙重打擊，港府出現嚴重財赤，公務員及一眾問責高官須集體減薪與市民共度時艱，但司法機構卻以司法獨立為由，堅持獨善其身拒絕減薪，令李國能的個人民望跌至歷史低位，顯示有關決定不得民心。公務員之後多次減薪，司法機構都拒絕跟隨，甚至還進一步提議立法永久禁止法官減薪，但不為政府採納。
王見秋案補鑊拒認錯
○三年底前上訴庭法官王見秋被揭發收取免費機票做禮物，同時又向司法機構申領機票津貼，繼而揭發王見秋及多名從事其他受薪工作的退休法官，都獲准繼續領取長俸，被質疑享有雙重福利。李國能事後檢討了有關法律及發出《法官行為指引》補鑊，但一直未有就之前的做法和決定公開認錯道歉。
去年原訟庭法官彭鍵基爆出「一案三判」醜聞，又被質疑獲准兼任多項與法律無關的公職，影響司法質素。李國能事後承認彭鍵基犯上嚴重錯失，但僅對其作出忠告了事，又將法官兼任公職的問題推給政府處理，被質疑包庇護短。