教區與當局對《校本條例》分歧之處，在於條例規定所有津貼學校在二○一○年之前作立法團校董會，但訂明辦學團體只可委任法團校董會內六成代表，令教區及部分有宗教背景的辦學團體擔心一旦加入其他校董，便不能貫徹辦學理念，故此拒絕按照要求成立法團校董會。

前主教陳日君多次與負責推動條例的前教育統籌局局長李國章隔空對罵。教區更於○六年提出司法覆核，指條例違反《基本法》，但原審被判敗訴，教區旋即表明上訴至終審法院。

終審庭已排期今年十一月聆訊，惟教育局去年十月放風，表明有意將學校籌備成立法團校董會的限期推遲兩年至二○一一年七月，並於今年五月獲立法會通過。當時教區表明歡迎，認為可讓學校有更多時間討論。詎料一波未平一波又起，今次天主教學校拒絕參與校本自願驗毒計劃，令教區與政府關係再現新裂痕。