正如圖像檔案一樣，現時的電子書仍未有一個統一的格式，除了以文字內容為主的TXT、HTML、DOC，以及常見的PDF檔案格式外，不少電子書閱讀器都會使用專屬的檔案格式，例如Amazon Kindle便支援具備數碼版權管理（DRM）功能的AZW格式，至於適用於Apple iPad、Barnes & Noble Nook及Sony Reader等閱讀器的ePUB，亦是相當流行的電子書格式。