蘇格蘭摺耳貓樣子可愛，但原來摺耳貓容易患上遺傳性骨骼病「軟骨骨質化發育異常」，發病年齡一般從2個月到1歲，病發初期，貓咪會表現得不愛活動，其後行動出現障礙，明顯病徵包括後肢出現跛行現象、尾巴亦顯得粗短、腳骨畸形彎曲。此不正常生長的骨骼及軟骨組織，會令貓咪感到痛楚，因而減低其活動能力。雖然現時未有辦法可以根治此病，惟可以藥物紓緩病情。此外，摺耳貓抵抗力較低，容易患上各類疾病如貓流感或過敏，故主人應注應不要讓貓咪感冒，開冷氣或冬日寒冷日子，不妨讓貓咪穿衣服。