台灣藍綠惡鬥，尤其是在政黨輪替的交錯下，更顯露政治清算的面目，令台灣政壇永無寧日。國民黨在長期執政下有許多惡習甚至可能藏污納垢，但都在民主政治的洗練中一一接受檢視，馬英九執政期間，一些國民黨縣市長也被調查甚至入獄。台北市長柯文哲上台後，檢視過去市長遺留下來的未完成施政，提出檢討改正是可以理解，但如果為政治圖騰而欲清算前任市長，就難有充分的說服力。

台北市成立廉政委員會，檢視過去的政策是否有缺失及市府官員有否違法亂紀行為，廉委會的成員包括市府官員以及由柯文哲委派，其中一位曾是扁案的律師，一位曾是謝長廷的助理，一位曾是高雄市長陳菊的辦公室主任，政治立場非常清楚，由他們調查大巨蛋案，其調查結果給人高度政治聯想，其對前台北市長郝龍斌與馬英九的批判，已嚴重傷害廉委會與柯文哲的公信力，尤其廉委會質疑馬英九在市長任內於大巨蛋議約過程中圖利廠商，要移送法辦。

柯文哲在廉委會偵辦大巨蛋案後說過，大巨蛋案合約本身並無合法性問題，但體制外的廉委會卻堅持要將馬英九移送法務部偵辦。廉委會的報告有程序上的瑕疵，沒有給馬英九答辯機會，就直接要移送法辦，實違程序正義。

馬英九強調，他當市長期間依法行政，從來不曾圖利任何廠商，可以接受外界最嚴格的檢驗。馬英九的人格操守取得社會普遍認同，有人質疑他的施政能力，卻無人質疑他的清廉。說馬英九圖利財團，實在找不出有對價關係，馬英九也沒有私人密帳，圖利罪需具備許多要件，沒有證據單憑想像是很難成立的。

政治報復 打擊藍營

廉委會成員大都偏綠，作出如此指控，難免讓人聯想到政治報復。至今仍然有許多綠營人士認為陳水扁入獄是政治迫害，圖報一箭之仇。然而扁案與大巨蛋案截然不同，陳水扁任內的幾筆土地買賣如龍潭購地案等，都有對價關係，有關說者，有送錢者，扁妻吳淑珍是收錢的大戶。希望馬英九卸任後亦要入獄，明顯是政治報復，相信馬英九可以經得起考驗。

台北大巨蛋未建成就出現紛擾，廉委會變成政治鬥爭工具。其實廉委會的決定無法步出市政府，無非是想羞辱馬英九及打擊藍營，其他綠營執政縣市也可能如法炮製，削弱藍營氣勢，以期明年能夠順利政黨輪替。