北京宣布劃設東海防空識別區後，引起美日韓的不滿，台灣事前未獲諮詢，令島內尤其是綠營勢力更加指摘馬英九軟弱，造成對馬政府的衝擊。今後北京或會劃設南海、黃海防空識別區，馬英九表示此舉無助兩岸關係的正面發展，希望北京不要再劃設防空識別區。有評論認為，兩岸在東海、南海問題上不同步，甚至可能出現摩擦，兩岸關係或因此起衝突。

台灣陸委會與大陸方面溝通，希望北京的後續行動不要影響兩岸關係發展，不要將台灣實質有效佔領與管轄的太平島劃入南海識別區，否則爭議難免。

化解分歧建立互信

隨着中國大陸的崛起且立意要成為海洋強國，加上區域安全情勢出現變化，北京劃設防空識別區是可以理解的，但北京劃設識別區的動機和理由應有所說明，並增加透明度，才可避免因情勢誤判而引發地區衝突。

北京強調深化經濟改革，與周邊國家建立合作夥伴關係，因此在東海、南海的戰略應以不會引發衝突為前提。有美國學者指出，以中國的實力，劃設防空識別區是合法的，但在時機上以及是否必須這樣做，值得探討。

兩岸和平發展關係着中華民族的復興，雙方只有深化發展，化解分歧，才能建立互信。台灣認為南沙群島是中華民國所有，且有法理依據，其中最大的太平島有駐軍及機場，太平島還可發揮補給作用，提供人道援助。若北京將太平島等島礁劃入南海防空識別區，必然引發糾紛，南海的爭議必枱面化，台灣對南海主權的發言權將被弱化。

現階段更重要的是兩岸相互尊重，北京太過強勢，在台灣內部必引起反彈，不僅綠營發難，亦得不到台灣民眾的支持，實不利兩岸關係發展。北京劃設防空識別區，是想在國際的氛圍樹立權威，但此舉或會摧毀兩岸辛苦建立的感情與互信。

馬英九政府面對兩岸爭議，必會在「九二共識」的基礎上尋求對話與溝通來化解矛盾。如今兩岸交往頻密，設立熱線溝通有正面助益，早前岡比亞突然與台灣斷交，台灣求證無門，只能透過大陸學者轉告有關部門，兩岸的距離因沒有直接溝通管道而顯得遙遠，實是兩岸關係發展的缺憾。北京如要劃設南海防空識別區，事前應作諮商及溝通，包容台灣的意見，在共同利益的基礎上尋求更寬廣的合作，才不致陷入爭議的漩渦中。