國家調查局（NBI）隸屬菲律賓司法部負責調查與國家利益有關的重案。
NBI掌握先進的刑事鑑證及偵查技術，屬下設有情報機關，負責調查恐怖活動及犯罪組織，局長加杜拉曾經到美國接受中央情報局（FBI）訓練。馬尼拉人質事件的後續調查亦是由NBI跟進。