在美韓同仇敵愾背後，兩國卻為如何處置舊核燃料棒一事出現爭拗。南韓四成電力來自核反應堆，該國儲存舊核燃料棒的空間買少見少，最直截了當的做法，就是重用舊核燃料棒，將其加工以獲取c元素，供新一代的快中子增殖反應堆使用。不過，根據七四年美韓簽署的協議，南韓被禁從事核燃料加工。正如北韓藉此取得c元素製造核武，南韓會否拿c元素生產核武，對華府來說是個大問題。

華府不太願意給南韓重用核燃料開綠燈，有多重考慮。首先，華府讓南韓成為例外，遭受國際社會嚴苛制裁的伊朗肯定不服氣，指摘華府為保「核霸權」奉行雙重標準，而北韓從事相關核子活動時恐怕更理直氣壯，稱自己與南韓一樣純粹為了發展民用核能，大條道理拒絕棄核。

但對南韓來說，華府此舉等於向南韓投不信任票。印度未有簽署《核不擴散條約》，卻獲布殊政府「恩准」發展民用核能，南韓作為《核不擴散條約》成員卻未如印度那樣得到華府的信任，這無可避免損害該國的尊嚴。再講，南韓欲承辦更多海外核反應堆建造工程，華府給南韓的民用核能技術發展上鎖，某程度上等於「阻人發達」。

有分析認為，華府之所以信不過南韓，有更深層的考慮。在上世紀七十年代初，尼克遜總統下令將駐韓美軍人數從六萬減至四萬，南韓朴正熙政府曾短暫從事核武開發。○四年，南韓向國際原子能機構「招認」，該國的科學家擅自給舊核燃料棒加工。對華府來說，讓南韓重用核燃料隨時是好心做壞事，間接將其推上核武之路。

上世紀九十年代，南韓一部以核武作題材的小說熱賣，故事講述南北韓秘密製造核武，縱然美國中情局派特工殺死一名協助南韓的美籍韓裔科學家，也無法打亂兩韓的計劃，結果，兩韓向一個無人居住的日本島嶼發射搭載核武的導彈，警告日本不要再打朝鮮半島的主意。

雖然小說情節純屬虛構，但去年北韓第二度進行核試後，南韓部分右翼政客重彈「核子主權」的舊調，華府對南韓有所防範，相信是出於「不怕一萬、只怕萬一」的心態。美韓七四年簽署的核子協議將於二○一四年到期，南韓與美方洽談協議續期問題時，討價還價的空間似乎相當有限。