發生疑似病例的農場，所有家畜一般會被宰殺，縣政府早前已宰殺四十九頭種牛。為了保住宮崎牛品牌，農場特地將提供九成精液作人工繁殖的六頭優秀種牛隔離，牠們被稱為宮崎之寶。其中名為「忠富士」的種牛疑似感染口蹄病，將被宰殺。忠富士在六頭種牛中名氣最大，被稱超級種牛。有指牠太遲被隔離是染病主因。如果剩餘五頭亦因染病而被宰殺，宮崎縣將失去全部五十五頭種牛，宮崎牛品牌恐不復再。

昨日開始，日本當局和宮崎縣政府為疫區內的家畜接種疫苗，接種對象為疫點半徑十公里內的約十六萬頭豬牛。但疫苗不能完全防止感染，家畜接種後仍會被宰殺，接種只為抑制疫情擴散。