哥白尼的下葬禮在弗龍堡一間教堂舉行，骸骨由波蘭部分最高職位的神父施聖水祝福，重新下葬在○五年發現骸骨的同一位置。教會為他立下黑色花崗岩的墓碑，註明他是日心說的提出者，碑上更刻有太陽系圖案。

哥白尼於一五四三年逝世，遺體埋在教堂地下，但正確位置不詳。科學家於○五年尋獲他的部分骸骨及牙齒。哥白尼提出日心說，指地球不是宇宙中心，而是以太陽為中心轉動，這種想法和當時教會的地心說背道而馳。地心說指地球是宇宙中心，教會亦以此作為證明上帝存在的依據。哥白尼死後，日心說曾被教會指為異端說法，但這理論後來被證明正確，為人類宇宙觀帶來巨大改變。