水災過後各災區充斥污泥，當中混合動物屍體等，公共衞生出現嚴重問題，各地陸續傳出傳染病例。高雄地區由於污水積聚，已出現了四例類鼻疽引發肺炎、敗血症等，一人死亡。另外，屏東地區萬丹鄉部分村落也出現居民皮膚潰爛現象，可能是泡污水過久而感染鈎端螺旋病及蜂窩性組織炎，居民已戴上口罩、手套及鞋套預防。據在災區進行救傷工作的醫生稱，類鼻疽感染途徑之一是透過有傷口的皮膚進入人體。衞生單位提醒災民與義工，清理災區泥土時，千萬不要徒手挖掘，定要戴膠手套及穿膠鞋。

另外，屏東縣萬丹鄉灣內村的村民，十七日起陸續出現發燒、身體酸痛等徵狀，截至昨日已有三十多人發病，其中十三人留醫。台灣疾病管制局調查後表示，不排除是清理家園時感染，但發病個案無出現家庭集體染病，顯示人傳人機率較低。