阿布沙耶夫在九十年代初成立，成名作是在一九九五年派出二百名游擊隊員，公然進攻棉蘭老島的伊比爾鎮，在鎮上燒殺搶掠，殺死四十四人。五年後的二○○○年五月，該組織遠征馬來西亞詩巴丹島，擄走二十一名人質，包括十名外國遊客，最後要由利比亞強人卡達菲出面，拿出二千五百萬美元擺平，令阿布沙耶夫名震天下，該組織更完全不放菲律賓政府在眼內。然而，就在這最風光之時，阿布沙耶夫遇上新的敵人，從此走上沒落。這個敵人就是美國。

二○○一年的九一一襲擊後，所有與阿蓋德有關的激進組織都成了美國的攻擊目標，阿布沙耶夫也不例外。在美國支持菲律賓政府軍圍剿下，阿布沙耶夫由全盛時期的一千名成員，減少到現時的三百人。美國最厲害之處，並非銀彈或炸彈，而是中情局的反間計。一名曾被阿布沙耶夫綁架的美國女人質指出，阿布沙耶夫過去能夠橫行無忌，最大原因是他們用綁架得來的贖金買通政府軍，因此從來沒有一次圍剿行動能動到阿布沙耶夫分毫，當局連他們的藏身地點在哪裏也搞不清。

美國在介入之後，沒有派出軍隊與阿布沙耶夫正面交鋒，反而是憑着精確的情報，一再引導菲國軍方搗破阿布沙耶夫的各個巢穴，這種步步緊逼的心理戰，令其領袖不免懷疑有內鬼出賣他們的行蹤。

一個星期前，阿布沙耶夫一名成員被指為軍方間諜，遭到行刑斬頭，令其他成員人心惶惶，擔心將會出現一輪血腥清洗。在這軍心不穩之時，正好就是政府軍一舉殲滅的好機會。阿布沙耶夫的創辦人亞尼亞拉尼曾在阿富汗接受阿蓋德組織訓練，據說拉登給他一筆錢叫他返回菲律賓建立一支武裝游擊隊，爭取菲國南部地區獨立。亞尼亞拉尼在九八年被政府軍擊斃，由他的弟弟接任為領袖，自此阿布沙耶夫改弦易轍，不再以政治目標為念，改為專門綁架勒索，就像土匪一樣，因此在回教民眾心目中形象大跌，在民心背棄下，走上末路只是遲早的事。