今次大選揭盅一如打開潘朵拉的盒子，雖然哈梅內伊公開祝賀艾哈邁迪內賈德當選，但穆薩維堅拒承認落敗，有關內賈德舞弊的指控更是此起彼落，示威浪潮持續升級，蔓延至多個大城市。表面上，這是內賈德與穆薩維之間的對決，實際上，百萬國民連日來公然上街抗議，要求推翻選舉結果，變相剃哈梅內伊眼眉，直接挑戰神權政治。對哈梅內伊來說，這才是更致命的威脅。

華府智庫威爾遜國際學者中心伊朗專家兼記者賴特指出﹕「現時危機不是關乎誰做總統，更關鍵的是『神法』和『憲法』之間的抉擇。」伊朗不少觀察家亦表示，神權政治體制的合法地位已被動搖，後果難料。換言之，真正處於「風眼」的似乎是哈梅內伊。

令哈梅內伊最頭痛的是，前總統拉夫桑賈尼身為「專家議會」主席，理論上掌握最高精神領袖的廢立大權，他充當穆薩維的靠山，神權政治裂縫乍現。卡內基國際和平基金會研究員、伊朗問題專家薩迪加布表示：「國民開始公開質疑高曼尼在一九七九年革命創立的神授政權管治制度『法基赫的監護』。國民公開挑戰哈梅內伊作為最高精神領袖的認受性，簡直前所未見。」

哈梅內伊曾任伊朗總統，於一九八九年成為最高精神領袖，雖然其神職資格一直備受質疑，但卻憑藉安全部隊、革命衞隊、總統府、國會及憲法監護委員會等的擁護「君臨天下」。薩迪加布認為，哈梅內伊這位「現代伊朗君王」近日錯判形勢，他說：「這場選舉，或者應該說是甄選，侮辱了伊朗選民的智慧」。

高曼尼與哈梅內伊同是最高精神領袖，但二人在伊朗民眾心目中的地位卻是大相逕庭。有學者點出哈梅內伊眼前的困局：「他的威望不及高曼尼，魅力亦有所不及。」哈梅內伊欠缺宗教資歷，當上最高精神領袖很大程度上是政治因素使然，那麼伊朗政治環境變遷對哈梅內伊的影響，自然特別巨大。

哈梅內伊既有軍隊作為後盾，示威者的訴求聲音能否鎮壓下去？華盛頓近東政策研究所專家埃森施塔特表示：「暴力鎮壓即使成功，亦會引發漫長的爭鬥，甚至危及安全部隊的團結及政權的長期穩定。」穆薩維無懼威嚇表示準備捨身，令哈梅內伊更見進退失據。