高鐵工程最終埋單計數，造價高達八百四十多億元，超支逾一百九十億元。港府高官近日頻頻解畫，痛陳利害，希望得到民意支持，逼迫立法會通過追加撥款。其實超支還是其次，最大問題是「一地兩檢」未解決。運房局副局長邱誠武在論壇上表示，仍以實施一地兩檢作為目標，亦以不損害「一國兩制」及《基本法》為大前提。事實上，西部通道的深圳灣口岸都是採取一地兩檢模式，港府執法人員在深圳境內口岸執法。問題是，高鐵總站在香港境內，如果實行一地兩檢，就要反過來容許內地人員在西九總站執法，這正是最大的爭議。

在社會高度政治化下，如果讓內地人員在港執法，必會被泛民上綱上線，指為破壞「一國兩制」和《基本法》；如果讓港方人員越俎代庖，同樣會引起兩制大於一國的爭議。可見當初這個在港府口中很容易解決的技術問題，實行起來一點也不容易，萬一高鐵失去一地兩檢的優勢，跟現有直通車有甚麼分別？耗費的數百億公帑豈非付諸東流？

有立法會議員建議在深圳福田和龍華設出入境關卡，實行「兩地兩檢」，因當年政府的研究文件指出，六成半高鐵乘客只來回香港和深圳。其實，現時從香港去深圳的交通選擇十分多，而且車程需時也不長，如果興建高鐵只為往返港深，那高鐵真的可謂毫無價值，倒不如壯士斷臂，爛尾算數。