○九年十二月至一○年一月間，因反對興建廣深港高鐵香港段，反對派議員、社運人士及聲援群眾在議會內外發動抗爭。其時的反對理據，主要集中於保育菜園村、原已貴絕全球的平均每公里二十五億元造價，及政府過分樂觀的收回建造成本估算。

「一地兩檢」的安排，當時亦被質疑動搖「一國兩制」。其時「貪曾」旗下的前運輸及房屋局局長鄭汝樺，承認無把握於高鐵香港段通車時便能實施「一地兩檢」，建議可考慮倣效歐洲，採用車上檢查旅行證件的措施。然而，該模式乃依據歐盟《神根公約》，香港與中國大陸並無類似協議，實屬空中樓閣。隨着高鐵撥款於立法會通過，工程上馬，「一地兩檢」問題便告不了了之。

今年十一月二日，問題再曝光，港鐵獨立董事委員會主席馬時亨於一電視訪談節目稱，若無「一地兩檢」，高鐵只是「較快的直通車」。由於工程已出現嚴重延誤及超支，馬時亨之說令公眾嘩然！

高鐵工程已是既成事實，若半途腰斬，數以百億計的公帑將付諸東流，因此是騎虎難下。「一地兩檢」如最終成事，中國大陸的出入境、海關、邊防、公安和衞生檢疫執法人員將可在香港境內執法，範圍甚至包括高鐵香港路段上行走的列車，嚴重動搖香港自治權！馬時亨的說法實為威嚇，若高鐵只是「比較快的直通車」，將更不合成本效益。肉隨砧板上，屆時在「一地兩檢」的問題，堅持香港的自主權，將被抹黑成「浪費公帑」。當年強行通過高鐵撥款，實為先斬後奏！