投票人潮逼爆陸空交通，澎湖、馬祖自上午大受濃霧影響，至少四十六個往來航班被取消，估計約七千名選民無法投票，台北松山機場甚至有鼓譟選民，與機場職員爆發衝突。另台灣北、中、南部公路昨早大塞車，北部地區最為嚴重，不少人心焦不已，擔心錯過投票。
受濃霧影響，澎湖來往台北、高雄大量航班取消或延誤，高雄小港機場約七百名選民滯留。台北松山機場，大批澎湖選民自上午八時候機，至下午一時得悉航班取消，與機場職員爭執。民航局統計澎湖、馬祖中午前共四十六個航班取消，滯留選民七千多人。