反對新措施最激烈的，往往就是在現行措施中獲利最多的一群；對於廉政署，部分立委批評為疊床架屋，因為法務部之下早有政風、肅貪、防貪等小組。立委們雖然點出了廉政署的繁複，但問題正好反映現行架構沒有能力肅貪倡廉。因此，設立廉政署顯然有必要，細節則有待商榷。

廉政署將隸屬法務部下，馬英九解釋，是要維持檢察官主導辦案的大陸法精神；言下之意是只要肅貪，而不要動搖現行法律體系。但廉政署在行政層級上一面與警政署平行，一面要聽命於法務部，架構上明顯無法獨立超然，恐難以駕御執法、司法系統；因此，馬英九應考慮，何不由總統直接委任廉政專員，那才是運用新架構，注入新人事，展現新作風；是於行政架構中注入新動力，而非馬英九所說，動搖法律體系。

台灣稱廉政署，卻不用「公署」，和警政署、衞生署等署級無甚分別；香港則稱廉政公署，和其他署級截然區分。「公署」正有大公無私之意，要是留意ICAC的全名：Independent Commission Against Corruption便會理解，面對貪污橫行的年代，只有獨立性強，新設的行政架構才能展示反貪決心。