這場風波，乃因立法院認為沒有受到尊重，行政當局貿然與美國簽訂貿易協議。杯葛由綠營發起，為顧及選票，藍營立委不得不附和，結果變成全民批馬英九政府。在國民黨的中山會報，黨內同志不留情面地抨擊，事件暴露行政機關「縱向及橫向聯繫有待加強」。

在對外方面，美國以協定已簽不能片面毀約要馬英九政府補救，尤其美國長久以來一直是台灣最重要的貿易與投資夥伴，而且也強力支持台灣積極參與全球貿易體系，美國不能容忍台灣的背信忘義，因此敦促台灣遵守承諾遵照協議，履行牛肉議定書。

馬英九無法駕馭立委

從美國的立場看，美國雖然曾是瘋牛症疫區，但現經世界動物衞生組織的鑑定合格，台灣就不應拒絕採購或限制採購美國牛肉，此風不可長，否則美國的威信蕩然無存。至於因立法院的杯葛而出現風波，是台灣內部問題，不應影響到台美間的貿易協定。「美牛危機」提升為外交問題，也衝擊馬英九政府的威信，立委及監察委員要求負責溝通協調的國安會秘書長蘇起下台以示負責，成了馬英九執政以來的最大挫敗。

令馬英九有最大危機感的是，在立法院內擁有四分之三多數的國民黨籍立委形同集體叛亂，完全不替執政黨的政策護航，讓身為黨主席的馬英九無法駕馭，甚至新任的黨秘書長金溥聰，甫上任就受到考驗。「國會失控」可說是馬英九未來任期影響他管治的最大變數，若不能糾正，國會將是馬英九的負擔，成了施政的最大阻力；馬英九接任黨主席就是要改變立法院的生態，讓黨籍立委能展現執政的能力。

年底五都選舉存變數

國民黨即將面臨桃園、台中、台東的立委補選，若選不好，士氣將會衰竭，國民黨實有輸不起的壓力。而這次美牛事件，民進黨是始作俑者，利用馬英九政府的失策作為操作的議題。民進黨除了立法院之杯葛得到附和外，並發起美牛公投，結果行政院公民投票審議委員會已通過美牛公投案合於規定。國民黨高層擔心，民進黨勢必再度藉此操弄公投綁大選，對年底的五都選舉埋下變數。

美國牛產品的進口及食用安全受到全民重視，因此，美牛進口案的公投，藍營也不敢反對，總統府及國民黨均表示尊重，然實際上已憂心影響年底的選舉。管治無方但擅於選舉策略操作的民進黨，終於抓住了這大好的機會，此乃馬英九政府所始料不及。原本單純的美牛事件竟會造成內外風暴，實是馬英九政府最大的教訓。