宣傳不足

康文署在十八區推出「東亞活力操」，旨在東亞運鼓勵全民運動，惟宣傳力弱，每場只得「小貓三四隻」，部分場地甚至零參與。

市面氣氛冷淡，紀念商品銷情欠佳。

場地問題

主場地將軍澳運動場田徑跑道被發現凹凸不平，部分須重新鋪設。

斥資近四億元興建的將軍澳主場館因地方太細，令開幕禮須移師尖沙咀文化中心露天廣場舉行。

花了一億多元翻新的水上比賽主場館九龍公園室內泳池，八月期間因連場大雨致天花嚴重漏水，導致假天花脫落。

作為籃球及武術賽事主場館的西區公園體育館，看台天台曾遇雨漏水。該館籃球架的籃板亦被發現未符合要求，需要改善。

部分比賽項目的場地被轟隔涉偏遠，交通不便。

項目難產

今屆東亞運首設健美項目，但由於國際健美協會及亞洲健美協會就委任國際技術委員及裁判一事未能達成共識，健美項目被取消。

屯門望后石射擊場因無法趕及在東亞運前落成，射擊比賽被迫移師南華會室內射擊場舉行，令原先可舉辦十三個射擊項目縮減至四個。

安排混亂

火炬接力跑最初定以無綫電視廣播城為終站，遭抨擊後最終將地點改為金紫荊廣場。

旅發局炮轟當局因遲遲未公布賽程表及運動員名單，令該局無法預留門票，令海外推廣工作困難。

港府透過教育局向全港中小學免費派發十二萬張教育門票「撐場」，但要求學生在部分賽事「早到遲走」，兼要學生「未天光」出發，引起學校不滿，並考慮退還門票。

選拔醜聞

多個界別的本地運動員投訴在選拔時遭不公平對待，涉及的運動項目包括花式單車、田徑及柔道，部分運動員正醞釀運動會期間集體示威。