醫學研究結果顯示，巨結腸病在全球的發病率，平均每五千名嬰兒中，便有一、兩個案例，但亞洲人的發病率較高，每二至三千名嬰兒之中，就有一個案例。在最近三年（○六至○八年），本港每年平均有七萬一千七百多名初生嬰兒，以三千分之一的發病率推算，估計每年有二十四人患上此病。
正常的直腸腸管有神經細胞，用以指導肌肉收縮及放鬆排便。巨結腸病的成因正是直腸缺少神經細胞所致，令肌肉長期收縮，不懂放鬆，導致糞便在腸管內堆積，引起便秘、腸塞和肚脹等徵狀。醫學界在九四年發現第一種與巨結腸病有關的RET基因，港大其後發現另一種HOXB5基因，亦與此症有關。