中港股市運作有異，例如內地股市不允許「即日鮮」、設有漲停板機制，加上中港假期不同，投資者需要留意「滬港通」下的有關安排。

由於香港實施「T+0」交易制度，允許交易時段內，可以即日自由買賣，交易次數及漲跌幅均沒有限制。不過，內地實行「T+1」交易制度，當日買入股票，不能即日售出，故香港與海外投資者於T日買入「滬股通」股票，只可於「T+1」日或之後售出。

同時，上海證券交易所目前實行價格限制，一般為不超過前一個交易日收市價的一成波幅，故所有「滬股通」訂單價格需遵行價格限制範圍之內，否則訂單會被拒絕。

留意兩地假期休市

此外，「滬港通」推出初期，投資者只可在兩地市場均為營業日及兩地市場的銀行服務於相應的款項交收日均開放，才可進行跨境交易。

以今年復活節假期為例，四月十八日為本港假期，沒有銀行服務，不能處理十七日的款項交收工作，即使十七日中港兩地均為營業日，「滬股通」仍不開放。