資料顯示，海盜旗以骷髏頭和交叉骨為標記，約十七世紀開始為海盜廣泛使用，隨着海盜沒落，一些國家的軍隊亦開始使用海盜旗，以表達勇武和振興士氣，震懾敵人。亦有指以傳統說法，船艇懸掛海盜骷髏旗是為警醒船員，長期在海上航行會處處面臨挑戰和危險，激勵船員勇於面對挑戰和困難。