馬英九前晚召開首次災後重建會議，作出多項承諾，包括下月八日交出首張成績單，中央與地方政府須加快重建與安置災民，過程由劉兆玄監督。不過，民進黨籍的台南縣長蘇煥智則批評，馬將重點全放在重建、安置的細微末節上，未談到要如何治水，未抓緊重點。

下月七日全台哀悼

馬英九又稱，重建一定要在三年內完成。他說：「實際上我的任期不到三年，一定要做完！」為凸顯對災民的重視，昨起全台降半旗三天哀悼，馬又宣布下月七日舉行全台哀悼大會。

從一開始輕忽災情，到後來誠懇道歉、頻訪災區，馬、劉的前後對比非常明顯，全因終於感到危機逼近。昨日上午，已被視為「馬劉一體」的馬英九、劉兆玄，一同前往小林村參加二七超度法會。

馬英九特地以台語、國語向死難者家屬道歉：「政府對不起大家，政府沒做好保護你們的責任，讓你們受苦受難。」他又承諾將嚴懲失職官員，餘下的三年任內完成小林村重建，並引領官員再次鞠躬致歉，歷時約十秒。

「政治責任不用負嗎」

法會結束，災民立刻圍着馬、劉兩人，要求劉兆玄下台。「劉院長，你要下台你知道嗎？小林村死了五、六百人，政治責任你不用負嗎？」馬英九企圖為劉解圍，隨即有災民走到馬面前問：「不是他下台，就是你下台，你還要保他嗎？」輿論認為，兩人的表現顯示，劉兆玄留任的機會極大。