在審理過程中，扁嫂吳淑珍僅選擇部分認罪，不符認罪協商資格。而扁子陳致中及黃睿靚夫婦，因未將海外近十三億元新台幣匯回最高檢指定帳戶，與特偵組期待有落差，檢方將拒絕與陳致中夫妻協商、談判。至於扁嫂胞兄吳景茂，雖然他的供詞對追查扁家不法所得有貢獻，但他供述太遲，檢方預計排除與他協商。

此外，聲請認罪協商的被告，還包括前力麒建設董事長郭銓慶，因特偵組期望他捐款作公益，才考慮建議法官免其刑責；吳淑珍助理蔡銘哲雖然符合認罪協商的要件，但因他涉案情節重大，故僅建議從輕量刑；前竹科管理局長李界木則因應訊口供不一翻供，故或會被拒認罪協商。